その後、木ノ葉の里に再び危機が迫る。数年前うちは一族を滅ぼし、木ノ葉隠れを抜けたうちはイタチと、霧隠れの抜け忍干柿鬼鮫の二人が突如として里に現れた。彼らは、かつて大蛇丸も所属していた暁と呼ばれる組織のメンバーで、九尾を宿したナルトを狙っていた。彼らの侵入を察知した木ノ葉の上忍（猿飛アスマ・夕日紅・はたけカカシ）が応戦するが、イタチの実力は上忍達の力を持ってしても押さえ込むことはできなかった。イタチの写輪眼による幻術“月読”を受け、はたけカカシは戦闘不能となる。事態を知ったサスケは復讐の対象である実兄が里に現れたことを知って追跡する。 その頃、伝説の三忍の一人、自来也は上層部から火影就任の要請を受けるも、これを固辞し、同じ三忍で初代火影の孫でもある綱手を推薦。ナルトの修行を兼ね、共に彼女を探索する旅に出る。しかし、その道中で、イタチと鬼鮫がナルトを狙って来襲。自来也の横浜 マンション でなんとか退けるが、うちはイタチに単身で挑んだサスケは返り討ちに合い重傷を負う。 三竦みの戦い 自来也と共に里を旅立ったナルトは道中に術の修行に励む。その頃、三代目火影によって両腕を奪われた大蛇丸は術を封じられ、後遺症の激痛に苦しめられていた。彼は力を取り戻すため同じ三忍の一人で医療スペシャリストの綱手に自分の両腕を治すよう交渉を持ちかける。師である三代目を殺し、腕が治ったら再び木ノ葉を襲うという大蛇丸に対して綱手は激昂し、要求を退けるが、「最愛の二人を生き返らせる」という大蛇丸の言葉に綱手は動揺する。 その直後、自来也とナルトも綱手を発見。ナルトの姿に自分の亡き弟の姿を重ね見た綱手は螺旋丸を修得できたら、初代火影の首飾りを譲ると賭けをする。ナルトはますます螺旋丸の修得に燃える。その後、綱手は大蛇丸の要求を再び拒絶。そのまま、大蛇丸とカブトとの戦闘に突入。戦闘中に自来也も登場し、巨大口寄せ動物3体を巻き込んだ壮絶な三竦みの戦いを繰り広げる。苦戦の末、綱手の渾身の一撃によって大蛇丸を何とか退ける。この戦いでナルトは、ついに螺旋丸を修得する。 サスケ奪還任務 大蛇丸、綱手と並ぶ三忍の一人、自来也の尽力により大蛇丸を退け綱手が冷凍おせち に就いたことにより、里はやっと平静を取り戻そうとしていた。しかし、大蛇丸によって呪印を刻まれてしまったサスケは己の宿命に苦悩する。そんな中、サスケは大蛇丸の部下である音の四人衆と接触、大蛇丸の元へと誘い込まれる。ナルト、シカマル、チョウジ、キバ、ネジの五人は、サスケを連れ戻すため音の四人衆と交戦、我愛羅たち砂隠れの忍者の助けもあり、重傷を負いながらも全員を倒す。が、サスケと戦ったナルトは敗北を喫し、サスケは大蛇丸の元へ去る。 謎の組織・暁を倒すこととサスケ奪還のため、ナルトは自来也と2年半の修行に出る。 ジャンプコミックス27巻『カカシ外伝〜戦場のボーイズライフ〜』 時系列では、第三次忍界大戦後、『第一部』が開始される十数年前の物語（カカシが『第一部』のナルトぐらいの頃）。 はたけカカシの幼少期、写輪眼を手に入れた経緯が物語となる。 上忍に昇格したカカシは、これまで共に任務をこなしてきた、うちはオビト、リン、そして上官である波風ミナト（後の四代目火影）と任務に向かう。カカシとオビトは、いつもぶつかり合う仲（ナルトとサスケのようなライバル関係である）。 上官と別行動を取った後、カカシ達は敵の罠に嵌り、窮地に立たされる。人質に取られたリンを巡り、既に亡くなった父親の面影に今なお引きずられるカカシと、任務ではいつも口先だけのオビトは、忍者としての在り方で意見が分かれ、対立。チームは分裂することになる。単独でリンを助けに行くオビト。しかしオビトも敵と対峙し再度窮地に陥る。オビトはここで写輪眼を覚醒させる。カカシが駆けつけ敵は退けるが、脱出時に落石からカカシをかばい、オビトは落石の犠牲となってしまう。そして息を引き取る寸前、上忍の就任祝いと称しカカシに写輪眼の力を託した。 第一部の2年半後から始まる。暁が尾獣を手に入れるため行動を開始する。暁のデイダラが、砂隠れの里の風影になった我愛羅を倒し連れ去ろうとした。 暁を追ったカンクロウが、デイダラと共に活動していたサソリのカラクリ人形の毒によって倒され、意識を失ってしまう。その後、砂隠れの里からの緊急の報せを受け、ナルト達カカシ班が砂隠れの里へ向かう。途中砂隠れの里に戻るテマリと合流し、砂隠れの里を目指す。その頃、木ノ葉隠れの里では、ガイ班もカカシ班と同様の任務で派遣されていた。砂隠れの里についたカカシ班は、サクラがカンクロウの毒を解毒し、カンクロウは一命を取り留めた。そして、カカシ班は砂隠れの里の相談役、チヨバアと共に暁のアジトを目指す。 一方ガイ班は、カカシが口寄せした忍犬、パックンと共に川の国にある暁のアジトを目指していた。そして、カカシ班とガイ班は途中暁の足止めを食らいながらもアジトに到着。トラップを破り、アジトである洞窟の中に突入する、ナルト、カカシ、サクラ、チヨバアの前には、既に尾獣と引き離されて絶命している我愛羅と、暁のサソリとデイダラしかいなかった。 我愛羅の奪還のためデイダラを追うナルトとカカシ。サクラとチヨバアはウィークリーマンション と対峙する。サソリの正体はチヨバアの孫で、砂隠れの歴史の中で最強のカラクリ使いで、サクラとチヨバアは苦戦しながらも何とかサソリを倒し、ナルトたちの後を追う。 一方ナルトとカカシは、カカシの万華鏡写輪眼のおかげで我愛羅の遺体の奪還に成功する。しかし、ナルトは尾獣を体内に内包し、人柱力として生きる宿命と同じ境遇である我愛羅の死の怒りを、砂隠れのご意見番であるチヨバアにぶつける。ナルトと出逢い、考えや認識を改めていたチヨバアは、自分の秘術を使い自らの命と引換えに、我愛羅を蘇生させる。目を覚ました我愛羅の周りには、我愛羅を尊敬し敬愛する砂隠れの忍者が、我愛羅の救出のために集まっていた。 天地橋任務 我愛羅奪還を果たしたカカシ班。しかし、万華鏡写輪眼の影響でカカシはしばらく動けなくなっていた。代理でカカシ班の隊長に指名されたのは暗部のヤマトと名乗る忍者だった。さらに、サスケの補充として暗部の根から派遣されたサイと名乗る忍者がカカシ班に加わり、サクラがサソリから聞き出した情報で、大蛇丸のもとにいるサソリのスパイと接触することになる。しかし、何かに付けてぶつかるナルトとサイ。そんな状態で接触の時が来る。ヤマトがサソリに変装しスパイと接触する。そのスパイの正体は大蛇丸の右腕のカブトだった。しかし、既にカブトに掛けられたサソリの術は大蛇丸に解かれており、ヤマトは窮地に陥る。ナルトはヤマトを助けるために大蛇丸に挑む。その際に大蛇丸の言葉に触発され、九尾の力が目覚めて大蛇丸を追い詰めていく。その最中、サイは本来自分に与えられた任務のために動き出す。ヤマトは何とか九尾の力を押さえ込み、その最中に、サクラに自分の正体を明かす。ヤマトは大蛇丸により初代火影の遺伝子を組み込まれた実験体で、今の木ノ葉の里で唯一木遁の術を扱え、九尾の力を押さえ込むことのできる存在だった。 ダメージを受けたナルトを回復させたカカシ班は、大蛇丸のアジトに潜入する。そこで不用品回収 の全てを知るカカシ班。サイは三代目火影と敵対していたダンゾウの部下で、ダンゾウの命によって大蛇丸と結託して、綱手の治める今の木ノ葉を潰そうとしていた。しかし、暗部の真の目的は大蛇丸が次の体にと目を付けていたサスケの暗殺にあった。ところがサスケとの繋がりを守ろうとするナルトとサクラを見て、サイはかつて自分が大切にしていた兄との繋がりを思い出し、ナルトたちと共にサスケ奪還に協力する。サイはナルトたちより早く、本来の暗殺対象であるサスケと接触し、ナルトとサクラの話をする。サイの元にナルトたちが来た時、ナルトは2年半ぶりにサスケとの再会を果たす。しかし、そこにいたサスケはかつてのサスケとは違っており、ナルトたちを本気で潰しにかかる。ナルトとサイとヤマトは、全くサスケに歯が立たずに敗れていく。その中で九尾の妖孤はナルトに自分の力を頼るように言う。ナルトがそれを断ろうとした時、ナルトの中にサスケが現れ、九尾の妖孤を一時的に消滅させてナルトの中の力の正体を見極める。そして、全てを終わらせようとした時、大蛇丸がそれを止める。そして、かつての友であるサスケはナルトたちの前から再び消えてしまう。 変わってしまった友と、自分の非力さを痛感したナルトは、再び修行に入る。そこでカカシは、螺旋丸以上の物凄い術をナルトに授けようと特訓させる。 ナルト達が木ノ葉の里に帰還してまもなく、雲隠れの里に新たな暁のメンバーの飛段と角都が現れ、二尾の化け猫（猫又）を宿した人柱力・二位ユギトを倒し、拘束する。そのまま、彼らは次なるノルマの達成のため、火の国に侵入し、高名な忍寺“火の寺”を襲撃。“守護忍十二士”の一人、地陸を倒す。また、他国においてはデイダラと新たに暁のメンバーとなったトビがコンビを組み、三尾の大亀（磯撫）の捕獲に成功する。 暁が着実にその目的を達成していく中、飛段と角都が火の国に侵入したことを知った五代目火影は、新編成した二十小隊の精鋭達に彼らの抹殺を命じる。しかし、交戦した上忍猿飛アスマは、彼らの術の前に敗れ還らぬ人となる。 師の敵を討つべく、元第十班のメンバーは、アスマの代役のはたけカカシと共に再戦。彼らの連携に苦戦を強いられるが、シカマルは命がけの策で飛段をバラバラにして生き埋めにし、ヤマトを筆頭とする仮の第七班として参戦したナルトは修行で習得した、螺旋丸に風の性質変化を組み合わせた“風遁・螺旋手裏剣”を使用し角都を敗北へと追い込み、カカシが雷切でとどめを刺す。